Ponpes Babululum memiliki komunitas aktif yang terdiri dari:
- Forum Alumni Babululum (FAB)
Menjalin silaturahmi antaralumni yang kini telah berkiprah di berbagai bidang: pendidikan, pemerintahan, wirausaha, dan dakwah. - Majelis Taklim Wali Santri
Wadah pembinaan spiritual dan kajian keagamaan rutin bagi orang tua/wali santri. - Komunitas Penggerak Literasi Pesantren
Menggiatkan budaya menulis dan membaca di kalangan santri dan masyarakat sekitar. - Koperasi Santri & Gerakan Ekonomi Umat
Membangun kesadaran wirausaha sejak dini melalui praktik jual-beli Islami dan program UMKM.